אפילו אם המפעל לא שובת בשבת מותר בדעבד להשתמש בבקבוקים. 

עיין שו"ע או"ח 

סימן שיח: דין המבשל בשבת

סעיף א

המבשל בשבת, (או שעשה אחת משאר מלאכות), (טור), במזיד, אסור לו לעולם ולאחרים מותר למוצאי שבת מיד; ובשוגג, אסור בו ביום גם לאחרים, ולערב מותר גם, לו מיד; (ואם אמר לאינו יהודי לעשות לו מלאכה בשבת, ע"ל סימן ש"ז סעיף כ').

עיין משנה ברורה שם.